連合軍とはいっても、ほとんどの職員はアメリカ軍人と民間人で構成されていた。GHQ は軍事部門である参謀部と専門部局である幕僚部から組織された。

1. 参謀部
   1. 第1部（G1 人事担当）
   2. 第2部（G2 情報担当）
   3. 第3部（G3 作戦担当）
   4. 第4部（G4 後方担当）
      ※特に諜報・保安・検閲を任務とする第2部が大きな発言権をもっていた。
2. 幕僚部
   1. 民政局（GS 政治行政）
   2. 経済科学局（ESS 財閥解体など）
   3. 民間情報教育局（CIES 教育改革など）
   4. 天然資源局（NRS 農地改革など）
      ※特に民政局が「非軍事化・民主化」政策の主導権をもっていた。

「敗戦国を戦勝国が完全に支配化に置き、統治を行うことは近代国家の時代に入ってからはなかったことである」、とマッカーサーは述懐している。

年表

• 8月30日 マッカーサーが厚木飛行場に到着。
• 9月2日　戦艦ミズーリで降伏文書調印。GHQ司令第一号（陸海軍解体、軍需生産の全面停止等）が出る。
• 9月15日　東京・日比谷の第一生命相互ビルを接収。翌日からGHQ本部となる。
• 10月2日　連合国軍最高司令官総本部(GHQ/SCAP)設置。
• 10月15日　治安維持法の廃止。
• 11月6日　持株会社解体令。三井、三菱、住友、安田の四大財閥を解体するという政府案をGHQが承認。
• 12月9日　農地改革を指示。

• 1月4日　軍人・戦犯・軍国主義者・政治家などの公職追放を指示。

• 4月28日　夏時間が導入される。

• 6月25日　朝鮮戦争勃発。米軍が韓国を支援するため出動する。
• 7月8日　マッカーサー、吉田首相に警察力強化を求める書簡を送る。
• 8月10日　総理府の機関として、警察予備隊が置かれる。

• 4月11日　マッカーサー解任。後任にマシュー・リッジウェイ。

• 4月28日　サンフランシスコ講和条約が発効、GHQの支配が終わる。