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原核生物では転写されたRNAはほぼそのままでmRNAとして機能する。一方真核生物では転写されたmRNA前駆体はいくつかの切断、修飾といったプロセシングを受けたのちに成熟mRNAになる。
真核生物のmRNAはRNAポリメラーゼIIによって転写されたRNAに由来する。5'末端にはm7Gキャップがあり、3'末端は一般にpoly (A)鎖で終了している。これらの構造やmRNAの塩基配列は翻訳活性やmRNAの分解を制御する機能も持っている。
poly (A)鎖はrRNAやtRNAには存在しないmRNAの特徴であり、このことを利用してmRNAを特異的に精製することができる。また、mRNAを鋳型にしてDNAを逆転写酵素によって合成することができ、これはcDNAと呼ばれる。cDNAは遺伝子が働いていることの非常に信頼性の高い証拠であり、ゲノムプロジェクトによって得られた大量のシークエンスデータの中から遺伝子を探す作業を補助することができる。